#68

計算機サーバー周りはなんとかなった（はず） 環境を整えてくださっていた講師の先生に感謝するしかない

以下備忘録　間違ってない...はず

起動しているプロセスの確認

linuxコマンド ps を使う

よく使うオプション

u: プロセスのユーザ名と開始時刻も表示

-u: ユーザ名を指定して表示

ps u -u ユーザー名

USER        PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
ユーザー名  77230  0.0  0.0  45144  4344 ?        Ss   10:17   0:00 /lib/systemd/systemd --user
............
  • PID: プロセスID
  • %CPU: プロセスのCPU使用率
  • %MEM: プロセスが確保している物理メモリ
  • VSZ: Virtual Set Size / 仮想メモリサイズ
  • RSS: Resident Set Size / 物理メモリサイズ
  • TTY: 仮想端末ファイル
  • STAT: プロセスの状態
  • START: 開始時刻(時分)
  • TIME: CPUの使用時間(分秒)
  • COMMAND

以下を参考 qiita.com

R スクリプトの実行

秒で終わらない計算がほとんどなので基本は nohup コマンドを使う．行末の & を忘れないように

# Estimation.R を実行
Rscript Estimation.R 

# ターミナルを閉じたりログアウトしたりしても実行を続ける nohup コマンド
nohup Rscript Estimation.R &

# nohup コマンドで実行し，nohup.log 以外に結果を保存する（これが基本）
nohup Rscript Estimation.R > (ファイル名).txt &

# 実行が終了すると以下の通知が来る
$ nohup Rscript Estimation.R & 
[1]+  終了                  Rscript Estimation.R

scp でデータのやり取り

  • file/hoge.zip をサーバーの /homeに転送したい場合
config
Host hoge-user
 HostName xxx.xx.xx.xxx
 User hoge
 Port xxxxx
 IdentityFile "~/.ssh/test_rsa"

config で接続情報が上記のように定義されているとして，以下のコマンドで転送できる．

# ローカルからサーバーへ
scp -r ~/file/hoge.zip hoge-user:~/home

-r: ディレクトリ全体を送信するオプション